La digestion anaérobie des matières fécales présente certains problèmes, les premiers d'entre tous étant le contenu élevé de nitrogène organique et la phase de fermentation. Par le biais d'une diminution des températures, il est possible de réduire l'inhibition ammoniaque de 50 %. Le DBFZ étudie aussi les processus de mono-digestion des matières fécales, traitées actuellement en co-digestion.