Mittlerweile gilt es auch als wissenschaftlich erwiesen, dass die anaerobe Vergärung den hygienisch-sanitären Zustand der Eingangsmatrices sowohl unter thermophilen Bedingungen (Temperatur 50-55 °C) als auch unter mesophilen Bedingungen (Temperatur 37-40 °C) deutlich verbessert. Entgegen den in der Öffentlichkeit weit verbreiteten Befürchtungen wird im letzteren Fall auch der hygienisch-sanitäre Zustand der tierischen Extremente am Eingang verbessert, die als die am meisten kontaminierte Matrix überhaupt gelten.