È ormai consolidato anche a livello scientifico, che la digestione anaerobica migliora sensibilmente lo stato igienico-sanitario delle matrici in ingresso sia in condizioni di termofilia (temperatura di 50-55 °C) sia di mesofilia (temperatura di 37-40 °C). In quest’ultimo caso, nonostante i timori diffusi nell’opinione pubblica, viene migliorato lo stato igienico-sanitario anche delle deiezioni zootecniche in ingresso, considerate la matrice più contaminata per eccellenza.